В 1985 году была основана малазийская автомобильная компания «Proton». Первые годы своего существования фирма занималась производством автомобилей японской марки «Мицубиси» по лицензии для внутреннего рынка Малайзии. Первой моделью компании стала Протон Сага, представленная в 1985 году. Под капотом автомобиля располагался 1,3-литровый силовой агрегат Мицубиси, мощностью 73 лошадиных силы. Кроме того, в 1987 году была представлена модификация в кузове хэтчбек и 1,5-литровым мотором мощностью 92 лошадиных силы. В том же году были представлены версии Протон Сага с левым рулем для продажи на европейском автомобильном рынке. В 1991 году была существенно преобразована структура компании, что привело к выделению совместного предприятия «Протон-Мицубиси» в отдельную фирму, которая в 1995 году вошла в состав концерна «Протон». 

В 1996 году была представлена новая модель компании под названием Proton Perdana, построенная на платформе собственной разработки. Под капотом модели расположился двухлитровый силовой агрегат мощностью 99 лошадиных сил. В том же году малазийская марка выкупила 80% акций британской фирмы «Лотус», став полноправным владельцем всех патентов некогда успешной компании. Ключевым фактором в покупке «Лотус» стало участие правительства Малайзии, которое не только избавило «Протон» от налоговых выплат на ближайшие 10 лет, но и покрыв 30% стоимости сделки. 

В 1997 году была представлена модель Протон 300, построенная на платформе Мицубиси Кольт, а так же вышли в свет более 10 модификаций силовых агрегатов, среди которых были и моторы собственной разработки, мощностью 235 лошадиных сил. Через год была представлена модель Протон Персона, которая стала лидером продаж на автомобильном рынке Центральной Азии. А в следующем году была представлена модель Satira GTI с 1,8-литровым силовым агрегатом, имевшим мощность в 135 лошадиных сил. 

В 2004 году началось сотрудничество с другой японской маркой «Мазда», которая предоставила совместную с компанией «Форд» платформу. На базе компактного шасси от Мазда 3 была представлена модель Proton Gen-2. Новый лидер продаж малазийского автомобильного рынка, стал так же весьма популярным в Европе. К 2005 году производство Протон Gen-2 было развернуто на заводах компании «Лотус» в Великобритании, что послужило к потоку крупных инвестиций со стороны британских компаний. В 2006 году была представлена субкомпактная модель Протон Сатриа, которая была признана коммерчески неудачной, что привело к постепенному снижению доли марки «Протон» на малазийском автомобильном рынке. 

С 2007 года началось обновление модельного ряда компании, что привело к временному снижению прибыли, а во время всемирного финансового кризиса, пришлось существенно снизить финансирование дочерних компаний фирмы «Протон». Однако в 2009 году у руля которой встал бывший вице-президент итальянской марки «Феррари» Дэни Бахар. Благодаря усилиям нового генерального директора, была создана рекламная контора «Протон», работавшая с обращениями владельцев автомобилей марки, что послужило резкому росту качества автомобилей, а так же росту продаж моделей «Протон» на внутреннем автомобильном рынке Малайзии. 

В 2010 году следующим шагом на пути мирового развития концерна стало спонсорство команды Формула-1 Renault Sport, перешедшей под контроль люксембургских инвесторов в конце 2009 года. Спустя год «Протон», используя бренд «Лотус», стал титульным спонсором команды, передав ей и новое название – «Lotus GP». Мероприятия концерна привели к тому, что автомобили марки «Протон» сумели выйти на новые рынки, завоевав крупную долю, в том числе, и в сегменте компактных автомобилей на китайском автомобильном рынке. 

В 2011 году была представлена новая модель компании Протон Инспириа, которая представляла собой перелицованный седан Мицубиси Лансер десятого поколения, укомплектованный как двигателями японской компании, так и моторами собственной разработки «Протон». Однако компания неожиданно оказалась в крупных долгах, а правительство страны приступило к расследованию обстоятельств хищения более чем 100 миллионов долларов прибыли концерна «Протон». В 2012 году от занимаемой должности был освобожден Дэни Бахар, который и был виновником хищения собственных средств фирмы Протон, переведя через оффшорные счета более 150 миллионов долларов в период с 2009 по 2011 год. 

Новое руководство компании полностью свернуло автоспортивную программу концерна «Протон», что привело к стабильному экономическому росту компании. Однако после отказа правительства Малайзии выдать автомобильной марке новую субсидию, фирма продала часть акций японской фирме «Тойота», которая так же взяла на себя разработки новых силовых агрегатов. В результате чего, с 2013 года началась очередная модернизация актуального модельного ряда компании, а выход новых моделей намечен на 2015-2016 года.